次氯酸鈉消毒最主要的作用方式是通過它的水解形成次氯酸，次氯酸再進一步分解形成新生態氧[O]，新生態氧的氧化性使菌體和病毒上的蛋白質等物質變性，從而致死病源微生物。其次，次氯酸在殺菌、殺病毒過程中，不僅可作用于細胞壁、病毒外殼，而且因次氯酸分子小，不帶電荷，還可滲透入菌（病毒）體內，與菌（病毒）體蛋白、核酸和酶等有機高分子發生氧化反應，從而殺死病原微生物。再次，次氯酸產生出的氯離子還能顯著改變細菌和病毒體的滲透壓，使細胞喪失活性而死亡。