冰凍切片  在原位雜交中以冰凍切片zui常用。切片時，要盡量避免RNA酶污染，操作時需戴手套，使用70％酒精擦洗工作臺、切片機刀架、搖柄和載物臺等手常接觸的部位以及其他器械。切片厚度可根據具體情況而定。如靶組織中待測mRNA量較少，細胞所采用的原位雜交方法敏感性較低，為了能得到較多的信號，切片可厚些(約15―20~m)，反之則可薄些(約5―10~m)。粘貼切片前，載玻片要清洗干凈，使其不含RNA酶，并進行硅化處理。清洗方法：先用熱肥皂水刷洗，自來水清洗干凈后置于清潔液中浸泡24小時，清水洗凈烘干，95％乙醇中浸泡24小時后蒸餾水沖洗，150~C以上高溫烘干，錫箔紙包好無塵存放。

硅化載玻片的制作步驟如下：
    (1)將清洗干凈的載玻片在丙酮中浸泡5分鐘進行脫脂；

    (2)再人無水乙醇浸泡5分鐘，然后風干；細胞

    (3)繼之浸人硅烷(silane)液數秒(配法：將4ml 3―氨基―丙基三乙氧基硅與P00ml丙酮混合即可)；

    (4)移至丙酮內5分鐘；

    (5)入雙蒸水5分鐘；

    (6)zui后風于備用。

    由于原位雜交的實驗周期長，實驗程序繁雜，為了防止組織或細胞標本在雜交過程中脫落，載玻片要涂以鉻礬明膠或多聚賴氨酸<分子量大于300 000)等黏附劑。