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科學家開發新的人類基因組組裝方法

閱讀:546發布時間:2016-1-13

zui近,美國楊百翰大學的研究人員,開發出了一種新的人類基因組組裝方法,并無意中發現了一種新的方法,可識別幾種常見遺傳病中難以捉摸的標記。延伸閱讀:基因組組裝可縮短至幾分鐘?。

這種新方法依賴于研究人員開發的一種新算法,這種方法對于DNA序列中特定類型的變異,更為敏感。

本文*作者、計算機科學博士Paul Bodily指出:“這需要堅持不懈,結果并不是我原本打算調查的。我只是繼續沿著一條路,不知道它將要去哪里,直到我發現有閃亮的東西出現。”

每個人在其每個細胞中都有各自基因組的2個拷貝,每個拷貝都來自親本一方。兩個拷貝的序列是相同的,但有時也有一段序列被反轉,稱為倒位(inversion)。

倒位往往是有生物學意義的。以前的研究已經表明,倒位和精神發育遲滯、糖尿病、癲癇,精神分裂癥和自閉癥之間存在一種關聯。

該研究結果發表在生物信息學雜志《Bioinformatics》上,詳細介紹了這種新算法的性能如何優于其他方法,并意外發現了這種新算法檢測倒位的能力。

 

此前,檢測倒位是非常困難的,但是研究人員認為,他們的方法可以顯著提高這一檢測過程。

本文資深作者、計算機科學教授Mark Clement指出:“有些疾病,如自閉癥,我們真的不確定是什么原因造成的。至少有改進的工具用于檢測可能的原因,是很重要的。” 

該研究小組讓這種新算法源,可以自由提供給任何其他想要應用它的研究人員。Bodily離畢業還有幾年,但他預期將在一個更大的范圍內,應用這一新的模塊。

Bodily說:“如果你制定正確的數據,你可以產生幾乎所有看上去很好的算法,但是我們的算法是基于一些非常基本的理論。理論和實踐往往不是一致的,但我非常希望,當我們的方法適用到更大的前景時,將很好的發揮作用。”


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