染色質(zhì)免疫沉淀法（Chromatin immunoprecitation，ChIP）是研究體內(nèi)DNA與蛋白質(zhì)相互作用的重要工具。它可以靈敏地檢測(cè)目標(biāo)蛋白與特異DNA片段的結(jié)合情況，還可以用來(lái)研究組蛋白與基因表達(dá)的關(guān)系。核小體組蛋白可以發(fā)生多種翻譯后的共價(jià)修飾，如乙?；?、甲基化、磷酸化、泛素化等，這些共價(jià)修飾與真核基因的表達(dá)密切相關(guān)。根據(jù)“組蛋白密碼”假說(shuō)，組蛋白的各種共價(jià)修飾的組合會(huì)以協(xié)同或拮抗的方式誘導(dǎo)特異的下游生物學(xué)功能，因此，ChIP也為研究組蛋白修飾在基因表達(dá)中的作用，全面闡明真核基因的表達(dá)調(diào)控機(jī)制提供了強(qiáng)有力的研究工具。

該技術(shù)主要應(yīng)用于：
  1.組蛋白修飾酶的抗體作為“生物標(biāo)記”
  2.轉(zhuǎn)錄調(diào)控分析
  3.藥物開(kāi)發(fā)研究
  4.有絲分裂研究
  5.DNA損失與凋亡分析

   真核生物細(xì)胞狀態(tài)是由內(nèi)源和外源因素共同影響的，所有信號(hào)傳遞途徑的終點(diǎn)都是DNA。DNA通過(guò)核蛋白復(fù)合物組成染色質(zhì)，染色質(zhì)是基因調(diào)控的一個(gè)重要作用位點(diǎn)。轉(zhuǎn)錄激活因子和輔助抑制因子的研究顯示存在一種新的調(diào)節(jié)機(jī)制--“組蛋白密碼”，其信息存在于組蛋白的轉(zhuǎn)錄后修飾等過(guò)程中。該類修飾包括組蛋白磷酸化、乙?；?、甲基化、ADP-核糖基化等過(guò)程。隨著越來(lái)越多組蛋白核心結(jié)構(gòu)區(qū)域和羧端修飾的確定，組蛋白密碼在控制和調(diào)節(jié)基因功能過(guò)程中的作用越來(lái)越明確。參與修飾的酶根據(jù)其作用的不同而分類：如*乙酰轉(zhuǎn)移酶（HATs）可以將乙酰基團(tuán)轉(zhuǎn)到組蛋白上；組蛋白去乙酰酶（HDACs）可以去除氨基酸上的乙?；鶊F(tuán)；組蛋白甲基轉(zhuǎn)移酶（HMTs）可以將甲基基團(tuán)轉(zhuǎn)移到組蛋白上等不同*修飾標(biāo)記對(duì)應(yīng)于不同的生物學(xué)過(guò)程，它可以作為調(diào)節(jié)因子的作用位點(diǎn)，也可以用來(lái)改變?nèi)旧|(zhì)結(jié)構(gòu)。

   原理：染色質(zhì)免疫沉淀分析（ChiP）是基于體內(nèi)分析發(fā)展起來(lái)的方法，它的基本原理是在活細(xì)胞狀態(tài)下固定蛋白質(zhì)－DNA復(fù)合物，并將其隨機(jī)切斷為一定長(zhǎng)度范圍內(nèi)的染色質(zhì)小片段，然后通過(guò)免疫學(xué)方法沉淀此復(fù)合體，特異性地富集目的蛋白結(jié)合的DNA片段，通過(guò)對(duì)目的片斷的純化與檢測(cè)，從而獲得蛋白質(zhì)與DNA相互作用的信息。它能真實(shí)、完整地反映結(jié)合在DNA序列上的調(diào)控蛋白，是目前確定與特定蛋白結(jié)合的基因組區(qū)域或確定與特定基因組區(qū)域結(jié)合的蛋白質(zhì)的一種很好的方法。CHIP不僅可以檢測(cè)體內(nèi)反式因子與DNA的動(dòng)態(tài)作用，還可以用來(lái)研究組蛋白的各種共價(jià)修飾與基因表達(dá)的關(guān)系。而且，CHIP與其他方法的結(jié)合，擴(kuò)大了其應(yīng)用范圍：CHIP與基因芯片相結(jié)合建立的CHIP-on-chip方法已廣泛用于特定反式因子靶基因的高通量篩選；CHIP與體內(nèi)足跡法相結(jié)合，用于尋找反式因子的體內(nèi)結(jié)合位點(diǎn)；RNA-CHIP用于研究RNA在基因表達(dá)調(diào)控中的作用。由此可見(jiàn)，隨著CHIP的進(jìn)一步完善，它必將會(huì)在基因表達(dá)調(diào)控研究中發(fā)揮越來(lái)越重要的作用。

   染色質(zhì)免疫沉淀分析（ChiP）是基于體內(nèi)分析發(fā)展起來(lái)的方法，它能真實(shí)、完整地反映結(jié)合在DNA序列上的調(diào)控蛋白，是目前確定與特定蛋白結(jié)合的基因組區(qū)域或確定與特定基因組區(qū)域結(jié)合的蛋白質(zhì)的方法。

   ChiP技術(shù)和芯片技術(shù)的結(jié)合有利于確定全基因組范圍內(nèi)染色體蛋白的分布模式以及組蛋白修飾情況。