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目前用于有機污水的處理工藝主要包括厭氧處理、缺氧水解處理.好氧處理三大類，針對具體不同的水質情況，又包括UASB工藝、活性污泥工藝、生物膜工藝，氧化溝工藝，SBR工藝及其它一些工藝變形。這些生化處理工藝在常規有機廢水處理中都已經非常成熟，有了許多成功的工程化應用實例。但是在利用生化工藝處理醫藥化工廢水過程中，微生物生長受到嚴重抑制，不能利用廢水中的有機物作為營養進行生長，因此采用常規的生化處理技術不能培養出性能良好的污泥。終造成處理失敗。
1稀釋進水生化工藝：在早期的一些醫藥化工有機污水處理工程中。直接利用稀釋水把進水中的有毒物質濃度稀釋到微生物生長容許濃度，然后進行生化處理。這是一種為簡單的方法，易于操作和管理。但稀釋法存在的缺點是非常明顯的，增加處理規模和基建，增加原污水的運行費用，同時浪費大量的寶貴水資源。
2梯度壓力污泥馴化：大量的研究表明，以目標有毒難降解廢水對活性污泥進行適當的馴化，可大大提高污泥對有毒難降解有機物的降解的降解效率。采用何種馴化方法和進程對馴化結果影響很大，研究表明馴化時有毒物質濃度和暴露時間對微生物馴化適應能力有很大的影響。
3投加菌株的生物強化技術：當廢水中有毒有機污染物毒性大或極難于生物降解時，降解性微生物增殖速度慢，世代周期長，降解效率低，用常規的馴化方法很難馴化出具有降解能力的活性污泥或生物膜。生物強化技術就是在生物處理系統中投加具有降解能力的微生物菌株來改善和提高處理體系對有毒有機污染物的處理效果。
4共代謝：一些有毒難降解的有機物，在單獨存在作為碳源時，不能被微生物所分解利用，但在系統中有其他易利用基質存在時，這些有毒難降解有機物能被微生物降解，添加目標污染物的類似物質誘導物，某些營養物或提供目標污染物降解過程所需要的因子，能提高降解性微生物的生長速度和降解活性。
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