腸道菌群與健康的關系已經被廣泛接受。研究發現，肥胖等代謝狀態密切相關，與自身免疫性疾病的發生也有。研究發現，腸道菌群和一種眼科疾病自身免疫性葡萄膜炎存在關系。主要是因為腸道細菌產生的某種蛋白，這種蛋白能破壞可進入眼睛內的免疫細胞。

    美國大約有40萬自身免疫性葡萄膜炎患者，這種疾病的特征是作為免疫細胞司令員的T細胞侵入眼睛內葡萄膜中層，并導致局部炎癥反應。所有T細胞都是被特定抗原激活，在自身免疫性葡萄膜炎，這些T細胞是被葡萄膜某蛋白激活。健康人也存在T細胞，但這些細胞一般不進入眼睛內攻擊葡萄膜。因為眼睛內蛋白質一般不會釋放到眼睛外，這些蛋白無法接觸到T細胞。但是，腸道內某些細菌可能存在類似的蛋白，這些蛋白可以與T細胞接觸并激活這種細胞。

    研究是美國眼科研究所免疫學家完成的，他們用基因學技術構建存在能識別葡萄膜蛋白T細胞的小鼠，這種動物可以在斷奶后出現自身免疫性葡萄膜炎。如果用四種抗生素將大部分腸道菌殺死，不僅可以延緩這種疾病發生，且病情較輕。無菌動物也存在類似現象。

    為證明腸道菌群是刺激T細胞的原因，Caspi等用患病小鼠腸道內容物刺激T細胞，結果發現這種物質能激活T細胞，這種細胞能進入眼睛內。用蛋白酶對腸道內容處理，則這種刺激效應減弱，說明刺激T細胞的主要原因是是腸道內容中蛋白成分。將來自基因修飾動物的T細胞注射給對照組動物，如果這些細胞經過腸道內容處理，則86的動物會發生自身免疫性葡萄膜炎，如果不經過腸道內容處理則不會發展成自身免疫性葡萄膜炎。研究證明，來自腸道細菌的某種蛋白具有類似眼睛內某蛋白的類似結構，能激活T細胞，導致這些細胞能侵入眼睛導致自身免疫性葡萄膜炎。