重組子可通過酶切進行鑒定，也可以利用擴增引物通過 PCR 進行鑒定，陽性重組子能切出所需要的片段或得到相應片段的 PCR 產物。
1. 用牙簽挑取平板上的菌落接種于 2ml 含適當抗生素的 LB 培養基中，37℃搖 床培養過。
2. 次日取菌液 0.2-0.5ml，13,000rpm×3min 離心，棄上清，加入 20μl ddH2O 和 20μl 酚/ 氯仿，震蕩混勻，13,000rpm×5min 離心。
3. 取上清進行瓊脂糖電泳，加入載體質粒 DNA 作為陰性對照，根據質粒大小 初步篩選重組子，重組子的泳動速度應該慢于載體質粒。
4. 用堿法小量制備可能是重組子的質粒 DNA。
5. 選取適當的酶，對重組子進行酶切分析，酶切體積均為 10μl 體系。酶切樣品 進行瓊脂糖電泳鑒定是否有所需片段。
6. 酶切分析正確的重組子分成兩份，一份進行測序反應，另外一份保種。
7. 若用 PCR 法鑒定，則在第 2 步時每個樣本取 0.5-1.0μl 菌液為模板進行 PCR 反應，每管反應體系zui低可少至 10μl ，PCR 產物電泳，能得到所需條帶的樣 本進一步提取質粒酶切鑒定或送樣品測序。
