1.吸附劑的選擇及處理
吸附劑分為無機吸附劑如硅膠、氧化鋁、活性炭、氧化鎂、碳酸鈣、磷酸鈣，有機吸附劑如纖維素、淀粉、蔗糖、聚酰胺等。一般來說，所選擇吸附劑應有較大的比表面積和足夠的吸附能力：對欲分離的不同物質應有不同的吸附能力，即有足夠的分辨力；與洗脫劑、溶劑及樣品組分不會發生化學反應；吸附劑顆粒均勻。 吸附劑一般先經過篩獲得均勻的顆粒（100-200目），對含有雜質的吸附劑可用有機溶劑如甲醇、乙醇、乙酸乙酯等浸泡處理或提取除去，有些吸附劑可用沸水洗去酸堿使呈中性，有些需經加熱處理活化。

2. 溶劑與洗脫劑
兩者常為同一組分,但用途不同。習慣上把用于溶解樣品的溶液稱為溶劑，把用于洗脫洗脫柱的溶液稱洗脫劑。原則上所選的溶劑和洗脫劑要求純度高，與樣品和吸附劑不起化學反應，對樣品的溶解度大，粘度小，易流動，易與洗脫的組分分開。常用的溶劑和洗脫劑有飽和碳氫化合物、醇、酚、醚、鹵化烷、有機酸等。

3.柱的裝填和樣品的加入
色譜柱一般為玻璃或有機玻璃管制成，柱下端裝上一塊2-4號燒結玻璃或墊一層玻璃絲以支持吸附劑，管內裝吸附劑。有條件可附加壓或減壓裝置，使流速保持恒定，色譜柱外也可配恒溫管套。
裝柱的方法通常是將一種在適當溶劑中的吸附劑調成糊狀，慢慢地倒入關閉了出水口的柱中，同時不斷攪拌上層糊狀物，趕去氣泡，并使裝填物均勻的自然下降，裝置所需要的高度后，打開出水口，讓溶劑流出。注意柱的任何部分不能流干，即是說、再柱的表面始終保持著一層溶劑。
小心地用移液管把樣品液繞柱內壁小心地加入，不要沖擊著吸附劑的表面。加樣的另一個辦法是用一個注射器和蠕動泵把樣品直接送到柱表面上。

4. 洗脫
在整個洗脫過程中，要使洗脫液通過柱時保持恒定的流速，可以用調節"操作壓"來調控（操作壓相當于在柱上面的貯液瓶中溶劑的水平和柱出口位置的水平之差）。另一個方法是時用蠕動泵。
洗脫過程中柱內不斷發生溶解（解吸），吸附，在溶解，在吸附。被吸附的物質被溶劑解吸，隨著溶劑向下移動，又遇到新的吸附劑又把該物質自溶劑中吸附出來，后來流下的新溶劑又在使該物質溶解而向下移動。如此反復解析，吸附，經過一段時間后，該物質向下移動至一定距離，此距離的長短與吸附劑對該物質的吸附力及溶劑對該物質的溶解能力有關，分子結構不同的物質溶解度和吸附能力不同，移動距離也不同,吸附較弱的就易溶解，移動距離較大。經過適當時間后，各物質就形成了各種區帶,，每一區帶可能是一種純物質，如果被分離物質是有色的，就可以清楚地看到色層。隨著洗脫劑向下移動，zui后各組份按吸附力的不同順序流出色譜柱，以流出體積對濃度作圖，可得由一系列峰組成的曲線，每一峰可能相當于一個組分。